История развития комплекса начинается с 1992г., инициатором проекта выступил архитектор Борис Иванович Тхор, который предложил построить небоскрёбы международного делового центра Юрию Лужкову. Благодаря активной поддержке и участию Правительства Москвы, идея получила быстрое развитие. В 1992 г. специально с целью управления самым крупным инвестиционным проектом в истории России была создана компания ОАО «СИТИ». В декабре того же года Правительство Москвы и компания «СИТИ» подписали Генеральное соглашение по управлению и развитию ММДЦ «Москва-Сити», в результате чего компания стала главной управляющей компанией проекта и выступает одновременно собственником и арендодателем, контролирует начальные стадии развития объектов и их последующую эксплуатацию. В 1994 году ОАО «СИТИ» приступило к развитию первых коммерческих и административных структур, и уже на следующий год Правительство Москвы подписало указ, касающийся графика предпроектной разработки объектов «Москва-Сити», подготовки земельного законодательства, урегулирования и процесса одобрения проекта, а также составления документов по лицензированию строительства объектов проекта. Это позволило Правительству Москвы и инвесторам установить более тесный контакт и работать согласованно. Строительство первых объектов «Москва-Сити» началось в конце 90-х гг. Первым объектом комплекса стала «Башня 2000».В 2003 г. ММДЦ «Москва-Сити» стал привлекать новых инвесторов и с тех пор
продолжает наращивать темп развития. В настоящий момент большинство объектов «Москва-Сити» находятся на стадии активной реализации, ввод в эксплуатацию всех объектов планируется до 2017 году (более 2,0 млн. кв.м).
Количество работающих на территории комплекса и его гостей по предварительной оценке достигнет 250 000 – 300 000 человек.
В апреле 2012 года года в московском Сити вспыхнул пожар. Огонь разгорелся на 46-м этаже здания.
Основными целями создания являлись:
1.организация и создание условий для эффективного функционирования приоритетной Целевой комплексной программы и социально-экономического развития ММДЦ «Москва-Сити»;
2.создание условий для более эффективного становления города Москвы как центра деловой активности Российской Федерации;
3.создание основы для стабильных налоговых поступлений в бюджет города Москвы.